La Academia funciona en Pleno y en Comisiones que se reúnen semanalmente. Las Comisiones, formadas por un número variable de Académicos, tienen asignada la misión de elaborar propuestas que habrá de examinar el Pleno para decidir sobre su aprobación. Son las siguientes: de Diccionario usual, de Diccionario histórico, de Etimologías, de Gramática, de Consultas, de Vocabulario Técnico, de Ciencias Humanas, de Publicaciones y de Premios. Además, estando la Casa de Lope de Vega bajo el cuidado de la Academia, otra Comisión se encarga de su conservación.

   El Pleno, integrado por la totalidad de los Académicos, se reúne todos los jueves por la tarde, durante el curso académico. Tras aprobar las actas del día anterior y debatir asuntos generales, si los hay, los asistentes presentan enmiendas y adiciones al Diccionario. Después, se examinan las propuestas formuladas por las diversas Comisiones. Las resoluciones, en el caso de que se produzca disparidad de criterio, se adoptan mediante votación.

  Al servicio de los trabajos que la Academia desarrolla en Pleno o en Comisiones, funciona el Instituto de Lexicografía, integrado por más de cien filólogos y lexicógrafos que trabajan en la elaboración de los Diccionarios académicos y en la creación del banco de datos del español.

   La Junta de Gobierno rige la Academia y entiende en todos los asuntos relativos al buen orden de la Corporación, tanto en su funcionamiento interno como en sus relaciones con el Estado, las Academias y la sociedad. La preside el Director de la Academia y está constituida por el Vicedirector, el Secretario, el Censor, el Bibliotecario, el Tesorero, el Vicesecretario y dos Vocales Adjuntos. Todos estos cargos son electivos y a excepción de los Vocales que se eligen cada dos años, pueden ejercerse durante cuatro años, prorrogables sólo una vez.